Общеслав. Корень тот же, но с перегласовкой о/е, что и в стон.
Школьный этимологический словарь русского языка
Значения в других словарях
стенать —
-аю, -аешь; прич. наст. стенящий и стенающий; деепр. стеная и стеня; несов. Жалобно стонать; издавать крики, плач, сопровождаемые стонами. Целые два дня, То молча плача, то стеня, Мария не пила, не ела. Пушкин, Полтава.
Малый академический словарь